作物遺傳與種質創新國家重點實驗室

國家肉品質量安全控制工程技術研究中心

國家大豆改良中心

國家信息農業工程技術中心

農村土地資源利用與整治國家地方聯合工程研究中心（江蘇）

綠色農藥創制與應用技術國家地方聯合工程研究中心

國家有機類肥料工程技術研究中心（共建）

動物消化道營養國際聯合研究中心

中國-肯尼亞作物分子生物學“一帶一路”聯合實驗室

南京水稻種質資源國家野外科學觀測研究站

現代作物生產省部共建協同創新中心

南京農業大學豬鏈球菌病診斷國際參考實驗室